git checkout foo
git pull . bar

Siendo bar el nombre de la rama que queremos unir con la rama foo.

Ahora es posible que existan conflictos entre ficheros que hayamos modificado en ambas ramas, para corregirlos, usaremos:

git mergetool -t herramienta_diff

Este comando nos informará fichero a fichero los cambios que se han producido y deberemos tomar manualmente las decisiones oportunas. En herramienta_diff tenemos que indicar el programa que vamos a usar para hacer la comparación de ficheros. En Linux podemos usar meld y en MacOS opendiff.

Enlaces relacionados:

• Branching and merging with git
  
• Integrating Git with a Visual Merge Tool

Permite comparación entre archivos (2 o 3), entre directorios y en sistemas de control de versiones (como CVS). Un aspecto importante es, que al hacer scroll, se mueven las dos o tres partes simultáneamente. Y como una imagen vale más que mil palabras, aquí os dejo un pantallazo.

Descarga para Linux o MacOS X
En Ubuntu se puede instalar con el paquete meld:

sudo aptitude install meld